Offene Stellen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Studenten/-in, der/die gerne seine/ihre Masterarbeit am Institut für Biochemie und Molekularbiologie (in Zusammenarbeit mit der CHIP-Next Generation Sequencing Core Facility, Dr. Ivan Costa) anfertigen möchte.

Wir haben ASH2L als Interaktionspartner des Onkoproteins c-MYC identifiziert. ASH2L ist eine Core-Untereinheit von Histon-Methyltransferase-Komplexen (MLL-Komplexe), die Histon H3 an Lysin 4 methylieren. Diese Modifikation ist essentiell für die Genexpression. Zudem besitzt ASH2L onkogene Aktivität, wie auch andere Untereinheiten der MLL-Komplexe. In embryonalen Mausfibroblasten, in denen wir das Ash2l-Gen mittels Rekombination deletieren können (knockout MEFs), sollen die funktionalen Domänen von ASH2L charakterisiert werden. Dazu sollen die knockout MEFs mit humanem ASH2L und Mutanten rekonstituiert werden. Die Konsequenzen auf die Genexpression und das Proliferationsverhalten der Zellen sollen untersucht werden.
Wichtige Methoden: Zellkultur, retrovirale Infektion von Zellen, Herstellung von Mutanten, qRT-PCR, ChIP, FACS, SDS-PAGE – Western Blot, Histon-Methyltransferase-Assays.


Ausgewählte Publikationen:

  • Guccione, E., Bassi, C., Casadio, F., Martinato, F., Cesaroni, M., Schuchlautz, H., Lüscher, B., and Amati, B. 2007. Methylation of histone H3R2 by PRMT6 and H3K4 by MLL complexes are mutually exclusive. Nature 449, 933-937.

  • Lüscher-Firzlaff*, J., Gawlista*, I., Vervoorts, J., Kapelle, K., Braunschweig, T., Walsemann, G., Rodgarkia-Schamberger, C., Schuchlautz, H., Dreschers, S., Kremmer, E., Lilischkis, R., Cerni, C., Wellmann, A., and Lüscher, B. 2008. The human trithorax protein hASH2 functions as an oncoprotein. Cancer Res. 68, 749-758. *equal contribution

  • Lüscher, B. and Vervoorts, J. 2012. Regulation of gene transcription by the oncoprotein MYC. Gene, 494, 145-160.

  • Ullius, A., Lüscher-Firzlaff, J., Costa, I. G., Walsemann, G., Forst, A. H., Gusmao, E. G., Kapelle, K., Kleine, H., Kremmer, E., Vervoorts, J., and Lüscher, B. 2014. The interaction of MYC with the trithorax protein ASH2L promotes gene transcription by regulating H3K27 modification. Nucleic Acids Research 42, 6901-6920.


Kontakt:

Prof. Dr. Bernhard Lüscher
luescherrwth-aachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Medizinische Fakultät, RWTH Aachen University,
Pauwelsstrasse 30,
52074 Aachen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Studenten/-in, der/die gerne seine/ihre Masterarbeit am Institut für Biochemie und Molekularbiologie in Zusammenarbeit mit der Proteomics-Core-Facility (Dr. Preissinger) anfertigen möchte.

Mono-ADP-Ribosylierung ist eine posttranslationelle Modifikation von Proteinen, die mit verschiedenen zellulären Prozessen assoziiert ist. Mit ARTD10/PARP10 haben wir die erste intrazelluläre Mono-ADP-Ribosyltransferase identifiziert und zelluläre Prozesse beschrieben, die durch ARTD10 reguliert werden. In dem Projekt sollen die Modifizierungsstellen von NEMO, ein Schlüsselprotein im NF-kB-Signalweg, identifiziert, mutiert und funktional analysiert werden. Neben NEMO sollen verwandte Proteine, die ebenfalls ARTD10-Substrate sind und für die Autophagie in Zellen wichtig sind, untersucht werden.
Wichtige Methoden: Protein Herstellung in Bakterien und Aufreinigung, ADP-Ribosylierungsassays, Herstellung von Mutanten, SDS-PAGE – Western Blot, Zellkultur, retrovirale Infektion von Zellen, Analyse der NF-kB-Signalübertragung, Autophagie-Assays.


Ausgewählte Publikationen:

  • Kleine, H., Poreba, E., Lesniewicz, K., Hassa, P. O., Hottiger, M. O., Litchfield, D. W., Shilton, B. H., and Lüscher, B. 2008. Substrate-assisted catalysis by PARP10 limits its activity to mono-ADP-ribosylation. Mol. Cell 32, 57-69.

  • Rosenthal, F.*, Feijs, K. L. H.*, Frugier, E., Bonalli, M., Forst, A. H., Imhof, R., Winkler, H. C., Caflisch, A., Hassa, P. O., Lüscher, B.*, and Hottiger, M. O.* 2013. Macrodomain-containing proteins are novel mono-ADP-ribosylhydrolases. Nature Structural and Molecular Biology 20, 502-507. *equal contribution

  • Verheugd, P., Forst, A. H., Milke, L., Herzog, N., Feijs, K. L. H., Kremmer, E., Kleine, H., and Lüscher, B. 2013. Regulation of NF-kB signaling by the mono-ADP-ribosyltransferase ARTD10. Nature Communications 4, 1683.

  • Feijs, K. L. H., Forst, A. H., Verheugd, P., and Lüscher, B. 2013. Macrodomain-containing proteins: regulating new intracellular functions of mono(ADP-ribosyl)ation. Nature Reviews Molecular Cell Biology 13, 443-451.


Kontakt:

Prof. Dr. Bernhard Lüscher
luescherrwth-aachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Medizinische Fakultät, RWTH Aachen University,
Pauwelsstrasse 30,
52074 Aachen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Stundeten/-in, der/die im Rahmen seiner/ihrer Bachelorarbeit (kombiniert mit Praxissemester) oder Masterarbeit (kombiniert mit Forschungspraktikum) am Institut für Biochemie und Molekularbiologie unsere aktuelle Forschung unterstützen möchte.

Unsere Arbeitsgruppe erforscht die Funktion von Mono-ADP-Ribosylierung, einer posttranslationellen Modifikation, in Wirts-Pathogen-Interaktionen. Mit ARTD10 haben wir die erste intrazelluläre Mono-ADP-Ribosyltransferase definieren können. Seither konnten wir zeigen, dass Mono-ADP-Ribosylierung zahlreiche verschiedene zelluläre Prozesse wie den NF-k B Signalweg reguliert. Letzte Forschungsergebnisse legen eine Rolle in der angeborenen Immunantwort nahe: Die Expression von ARTD10 wird durch IFNa sowie der Infektion mit Pathogenen getriggert. Mono-ADP-ribosylierung ist wie viele posttranslationale Modifikationen reversibel, was wir mit der detaillierten Charakterisierung von einigen sogenannten Makrodomänen beweisen konnten. Neben zellulären Makrodomänen haben wir uns zuletzt auf virale Makrodomänen fokussiert und konnten zeigen, dass diese viralen Makrodomänen ebenfalls in der Lage sind, Mono-ADP-Ribosylierung effizient zu revertieren - ein weiterer Hinweis dafür, dass Mono-ADP-Ribosylierung eine Rolle in der Immunabwehr gegen Pathogene einnimmt.Projekte für Bachelor- und Masterarbeiten lassen sich in diesem jungen Forschungsfeld zeitnah definieren. Methodisch erwartet sie die Herstellung und Aufreinigung von Proteinen und entsprechender Mutanten, ADP-Ribosylierungs- und Hydrolaseassays, SDS-PAGE und Westernblot, Zellkultur, qRT-PCR und Reportergenassays.

Wenn Sie sich selbst in diesem Feld wiederfinden können und Spaß an Grundlagenforschung haben, dann freuen wir uns auf Ihre Bewerbung!


Ausgewählte Publikationen:

  • Eckei L., S. Krieg, M. Bütepage, A. Lehmann, A. Gross, B. Lippok, A.R. Grimm, B.M. Kümmerer, G. Rossetti, B. Lüscher, P. Verheugd. The conserved macrodomains of the non-structural proteins of Chikungunya virus and other positive strand RNA viruses function as mono-ADP-ribosylhydrolases. Sci Rep. Feb 2; 7:41746, 2017.

  • Verheugd P., M. Bütepage, L. Eckei, B. Lüscher. Players in ADP-ribosylation: Readers and Erasers. Curr Protein Pept Sci. 17(7):654-667, 2016.

  • Bütepage M., L. Eckei, P. Verheugd, B. Lüscher. Intracellular Mono-ADP-Ribosylation in Signaling and Disease. Cells. Sep 25;4(4):569-95, 2015.

  • Verheugd P., A.H. Forst, L. Milke, N. Herzog, K.L. Feijs, E. Kremmer, H. Kleine, B. Lüscher. Regulation of NF-k B signaling by the mono-ADP-ribosyltransferase ARTD10. Nat Commun. 4:1683, 2013.


Kontakt:

Dr. rer. nat. Patricia Korn (geb. Verheugd)
pkornukaachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Pauwelsstraße 30, 52074 Aachen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Stundeten/-in, der/die im Rahmen seiner/ihrer Bachelorarbeit (kombiniert mit Praxissemester), medizinischen Doktorarbeit oder Masterarbeit am Institut für Biochemie und Molekularbiologie unsere aktuelle Forschung unterstützen möchte.

In unseren Labors untersuchen wir die Funktion des Cytoskeletts und wollen verstehen, wie das Cytoskelett die Form und Architektur von Zellen reguliert.

Knochen sind einem ständigen Prozess des Ab- und Aufbaus durch Osteoklasten bzw. Osteblasten unterworfen. In unserem aktuellen Projekt untersuchen wir, wie Osteoklasten ihre knochenabbauende Funktion erlangen. Dabei heften sich Osteoklasten wie ein Saugnapf an die Oberfläche des Knochens und bilden dort einen Hohlraum. In diesen Hohlraum sezernieren die Osteoklasten H+ Ionen zur Auflösung der anorganischen Calciumapatitstruktur und Verdauungsenzyme zum Verdau der Kollagenfasern. Das Cytoskelett hat während des Abbauprozesses zwei Aufgaben. Es dichtet den Hohlraum durch die Bildung von Podosomen an ihren Rändern ab, und das Cytoskelett ist für den Transport der abbauenden Enzyme zum Hohlraum innerhalb der Zelle verantwortlich.

Das Protein ARAP1 mit einer Rho- und Arf-GAP Domäne ist ein wichtiger Faktor, der beide Funktionen des Cytoskeletts reguliert. Wir konnten zeigen, dass die Funktion von ARAP1 posttranslational durch die Phosphorylierung durch Cyclin Y/CDK16 reguliert wird. Nun möchten wir untersuchen und verstehen, wie diese Phosphorylierungen von ARAP1 die Bildung der Absorptionslagune und die intrazellulären Transportprozesse beeinflussen. Dazu haben wir die Differenzierung von Osteoklasten aus der Makrophagen Ziellinie RAW264.7 etabliert. Zum manipulieren der Expressionsspiegel von ARAP1 und CDK16 stehen lentivirale Konstrukte zum siRNA vermittelten knock-down zur Verfügung.

Wichtige Methoden: Zellkultur, lentivirale Infektion von Zellen (S2-Arbeiten), immunofluoreszenz Färbung und konfokale Mikroskopie, SDS-PAGE - Western Blot, Klonierung
 

Ausgewählte Publikationen:

Dohmen, M., Krieg, S., Agalaridis, G., Zhu, X., Shehata, S.N., Pfeiffenberger, E., Amelang, J., Bütepage, M., Buerova, E., Pfaff, C.M., Chanda, D., Geley, S., Preisinger, C., Sakamoto, K., Lüscher, B., Neumann, D., Vervoorts, J. (2020). AMPK-dependent activation of the Cyclin Y/CDK16 complex controls autophagy. Nat Commun 11, 1032.

Schäringer, K., Maxeiner, S., Schalla, C., Rütten, S., Zenke, M. and Sechi, A. (2021). LSP1- myosin1e bi-molecular complex regulates focal adhesion dynamics and cell migration. FASEB J., 35, e21268.

Gamper I., Fleck D., Barlin M., Spehr M., El Sayad S., Kleine H., Maxeiner S., Schalla C., Aydin G., Hoss M., Litchfield D.W., Lüscher B., Zenke M. and Sechi, A. (2016) GAR22β regulates cell migration, sperm motility and axoneme structure. Mol. Biol. Cell. 27: 277-294.
 

Kontakt:

Das Projekt wird gemeinsam von den Instituten für Zellbiologie (Antonio Sechi) und Biochemie (Jörg Vervoorts) betreut. Bitte senden Sie Ihre Bewerbung mit Lebenslauf an Jörg Vervoorts (jvervoorts-weberukaachende) oder Antonio Sechi (Antonio.Sechirwth-aachende).