Offene Stellen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Studenten/-in, der/die gerne seine/ihre Masterarbeit am Institut für Biochemie und Molekularbiologie (in Zusammenarbeit mit der CHIP-Next Generation Sequencing Core Facility, Dr. Ivan Costa) anfertigen möchte.

Wir haben ASH2L als Interaktionspartner des Onkoproteins c-MYC identifiziert. ASH2L ist eine Core-Untereinheit von Histon-Methyltransferase-Komplexen (MLL-Komplexe), die Histon H3 an Lysin 4 methylieren. Diese Modifikation ist essentiell für die Genexpression. Zudem besitzt ASH2L onkogene Aktivität, wie auch andere Untereinheiten der MLL-Komplexe. In embryonalen Mausfibroblasten, in denen wir das Ash2l-Gen mittels Rekombination deletieren können (knockout MEFs), sollen die funktionalen Domänen von ASH2L charakterisiert werden. Dazu sollen die knockout MEFs mit humanem ASH2L und Mutanten rekonstituiert werden. Die Konsequenzen auf die Genexpression und das Proliferationsverhalten der Zellen sollen untersucht werden.
Wichtige Methoden: Zellkultur, retrovirale Infektion von Zellen, Herstellung von Mutanten, qRT-PCR, ChIP, FACS, SDS-PAGE – Western Blot, Histon-Methyltransferase-Assays.


Ausgewählte Publikationen:

  • Guccione, E., Bassi, C., Casadio, F., Martinato, F., Cesaroni, M., Schuchlautz, H., Lüscher, B., and Amati, B. 2007. Methylation of histone H3R2 by PRMT6 and H3K4 by MLL complexes are mutually exclusive. Nature 449, 933-937.

  • Lüscher-Firzlaff*, J., Gawlista*, I., Vervoorts, J., Kapelle, K., Braunschweig, T., Walsemann, G., Rodgarkia-Schamberger, C., Schuchlautz, H., Dreschers, S., Kremmer, E., Lilischkis, R., Cerni, C., Wellmann, A., and Lüscher, B. 2008. The human trithorax protein hASH2 functions as an oncoprotein. Cancer Res. 68, 749-758. *equal contribution

  • Lüscher, B. and Vervoorts, J. 2012. Regulation of gene transcription by the oncoprotein MYC. Gene, 494, 145-160.

  • Ullius, A., Lüscher-Firzlaff, J., Costa, I. G., Walsemann, G., Forst, A. H., Gusmao, E. G., Kapelle, K., Kleine, H., Kremmer, E., Vervoorts, J., and Lüscher, B. 2014. The interaction of MYC with the trithorax protein ASH2L promotes gene transcription by regulating H3K27 modification. Nucleic Acids Research 42, 6901-6920.


Kontakt:

Prof. Dr. Bernhard Lüscher
luescherrwth-aachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Medizinische Fakultät, RWTH Aachen University,
Pauwelsstrasse 30,
52074 Aachen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Studenten/-in, der/die gerne seine/ihre Masterarbeit am Institut für Biochemie und Molekularbiologie in Zusammenarbeit mit der Proteomics-Core-Facility (Dr. Preissinger) anfertigen möchte.

Mono-ADP-Ribosylierung ist eine posttranslationelle Modifikation von Proteinen, die mit verschiedenen zellulären Prozessen assoziiert ist. Mit ARTD10/PARP10 haben wir die erste intrazelluläre Mono-ADP-Ribosyltransferase identifiziert und zelluläre Prozesse beschrieben, die durch ARTD10 reguliert werden. In dem Projekt sollen die Modifizierungsstellen von NEMO, ein Schlüsselprotein im NF-kB-Signalweg, identifiziert, mutiert und funktional analysiert werden. Neben NEMO sollen verwandte Proteine, die ebenfalls ARTD10-Substrate sind und für die Autophagie in Zellen wichtig sind, untersucht werden.
Wichtige Methoden: Protein Herstellung in Bakterien und Aufreinigung, ADP-Ribosylierungsassays, Herstellung von Mutanten, SDS-PAGE – Western Blot, Zellkultur, retrovirale Infektion von Zellen, Analyse der NF-kB-Signalübertragung, Autophagie-Assays.


Ausgewählte Publikationen:

  • Kleine, H., Poreba, E., Lesniewicz, K., Hassa, P. O., Hottiger, M. O., Litchfield, D. W., Shilton, B. H., and Lüscher, B. 2008. Substrate-assisted catalysis by PARP10 limits its activity to mono-ADP-ribosylation. Mol. Cell 32, 57-69.

  • Rosenthal, F.*, Feijs, K. L. H.*, Frugier, E., Bonalli, M., Forst, A. H., Imhof, R., Winkler, H. C., Caflisch, A., Hassa, P. O., Lüscher, B.*, and Hottiger, M. O.* 2013. Macrodomain-containing proteins are novel mono-ADP-ribosylhydrolases. Nature Structural and Molecular Biology 20, 502-507. *equal contribution

  • Verheugd, P., Forst, A. H., Milke, L., Herzog, N., Feijs, K. L. H., Kremmer, E., Kleine, H., and Lüscher, B. 2013. Regulation of NF-kB signaling by the mono-ADP-ribosyltransferase ARTD10. Nature Communications 4, 1683.

  • Feijs, K. L. H., Forst, A. H., Verheugd, P., and Lüscher, B. 2013. Macrodomain-containing proteins: regulating new intracellular functions of mono(ADP-ribosyl)ation. Nature Reviews Molecular Cell Biology 13, 443-451.


Kontakt:

Prof. Dr. Bernhard Lüscher
luescherrwth-aachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Medizinische Fakultät, RWTH Aachen University,
Pauwelsstrasse 30,
52074 Aachen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Studenten/-in, der/die gerne seine/ihre Masterarbeit am Institut für Biochemie und Molekularbiologie in Zusammenarbeit mit der Klinik für Dermatologie (Prof. Dr. Jens Baron) anfertigen möchte.

Das Cytokine IL-17 spielt sowohl bei der Psoriasis / Schuppenflechte wie auch bei der Atopischen Dermatitits / Neurodermitis eine zentrale Rolle. Wir haben gefunden, dass IL-17 das Cytokin IL-36 aktiviert. IL-17 und IL-36 wirken synergistisch auf die Funktion und Differenzierung von normalen humanen Keratinozyten. In dem Projekt sollen die Signalwege, die durch diese beiden Zytokine reguliert werden, untersucht werden. Zudem soll geklärt werden, wie diese Signalwege bestimmte Zielgene, deren Produkte für die Ausbildung der Hautbarriere wichtig sind, kontrollieren.
Wichtige Methoden: Zellkultur, Studien mit pharmakologischen Inhibitoren, SDS-PAGE – Western Blot, qRT-PCR, ChIP.


Ausgewählte Publikationen:

  • Cornelissen, C., Marquardt, Y., Czaja, K., Wenzel, J., Frank, J., Lüscher-Firzlaff, J., Lüscher, B.*, and Baron, J. M.* 2012. IL-31 regulates differentiation and filaggrin expression in human organotypic skin models. J. Allergy Clin. Immunol. 129, 426-433e8. *equal contribution

  • Cornelissen, C., Lüscher-Firzlaff, J., Baron, J. M.*, and Lüscher, B*. 2012. Signaling by IL-31 and functional consequences. Eur. J. Cell Biol. 91, 552-566. *equal contribution

  • Hänel, K. H.*, Pfaff, C. M.*, Cornelissen, C., Amann, P. M., Marquardt, Y., Czaja, K., Kim, A., Lüscher, B.*, and Baron, J. M.*. 2016. Control of the physical and antimicrobial skin barrier by an IL-31-IL-1 signaling network. J. Immunol. 196, 3233-3244. *equal contribution
     

Kontakt:

Prof. Dr. Bernhard Lüscher
luescherrwth-aachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Medizinische Fakultät, RWTH Aachen University,
Pauwelsstrasse 30,
52074 Aachen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Stundeten/-in, der/die im Rahmen seiner/ihrer Bachelorarbeit (kombiniert mit Praxissemester) oder Masterarbeit (kombiniert mit Forschungspraktikum) am Institut für Biochemie und Molekularbiologie unsere aktuelle Forschung unterstützen möchte.

Unsere Arbeitsgruppe erforscht die Funktion von Mono-ADP-Ribosylierung, einer posttranslationellen Modifikation, in Wirts-Pathogen-Interaktionen. Mit ARTD10 haben wir die erste intrazelluläre Mono-ADP-Ribosyltransferase definieren können. Seither konnten wir zeigen, dass Mono-ADP-Ribosylierung zahlreiche verschiedene zelluläre Prozesse wie den NF-k B Signalweg reguliert. Letzte Forschungsergebnisse legen eine Rolle in der angeborenen Immunantwort nahe: Die Expression von ARTD10 wird durch IFNa sowie der Infektion mit Pathogenen getriggert. Mono-ADP-ribosylierung ist wie viele posttranslationale Modifikationen reversibel, was wir mit der detaillierten Charakterisierung von einigen sogenannten Makrodomänen beweisen konnten. Neben zellulären Makrodomänen haben wir uns zuletzt auf virale Makrodomänen fokussiert und konnten zeigen, dass diese viralen Makrodomänen ebenfalls in der Lage sind, Mono-ADP-Ribosylierung effizient zu revertieren - ein weiterer Hinweis dafür, dass Mono-ADP-Ribosylierung eine Rolle in der Immunabwehr gegen Pathogene einnimmt.Projekte für Bachelor- und Masterarbeiten lassen sich in diesem jungen Forschungsfeld zeitnah definieren. Methodisch erwartet sie die Herstellung und Aufreinigung von Proteinen und entsprechender Mutanten, ADP-Ribosylierungs- und Hydrolaseassays, SDS-PAGE und Westernblot, Zellkultur, qRT-PCR und Reportergenassays.

Wenn Sie sich selbst in diesem Feld wiederfinden können und Spaß an Grundlagenforschung haben, dann freuen wir uns auf Ihre Bewerbung!


Ausgewählte Publikationen:

  • Eckei L., S. Krieg, M. Bütepage, A. Lehmann, A. Gross, B. Lippok, A.R. Grimm, B.M. Kümmerer, G. Rossetti, B. Lüscher, P. Verheugd. The conserved macrodomains of the non-structural proteins of Chikungunya virus and other positive strand RNA viruses function as mono-ADP-ribosylhydrolases. Sci Rep. Feb 2; 7:41746, 2017.

  • Verheugd P., M. Bütepage, L. Eckei, B. Lüscher. Players in ADP-ribosylation: Readers and Erasers. Curr Protein Pept Sci. 17(7):654-667, 2016.

  • Bütepage M., L. Eckei, P. Verheugd, B. Lüscher. Intracellular Mono-ADP-Ribosylation in Signaling and Disease. Cells. Sep 25;4(4):569-95, 2015.

  • Verheugd P., A.H. Forst, L. Milke, N. Herzog, K.L. Feijs, E. Kremmer, H. Kleine, B. Lüscher. Regulation of NF-k B signaling by the mono-ADP-ribosyltransferase ARTD10. Nat Commun. 4:1683, 2013.


Kontakt:

Dr. rer. nat. Patricia Korn (geb. Verheugd)
pkornukaachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Pauwelsstraße 30, 52074 Aachen

We are a young, ambitious research group embedded at the University Hospital of the RWTH Aachen. Motivated students who are interested in doing their master or medical PhD thesis are invited to join our lab. These projects will be performed in a small team currently consisting of two senior scientists, two PhD students, a master student and a technician. We especially encourage applications from minority groups.

We are interested in ADP-ribosylation, which has been studied mainly as a protein modification. It is involved in a variety of cellular processes, such as DNA damage repair, transcription, immunity and cancer. There are many open questions, such as when ADP-ribosylation occurs, how it is regulated and to which patho-(physiological) processes it contributes.

One project has a more translational aspect and may be well suited for a medical PhD student. PARP1 is utilized as drug target in for example BRCA1 negative breast cancer patients, however, the enzyme family to which PARP1 belongs, has 17 members. We are planning to investigate the role of other PARP enzymes, as well as hydrolases, in diverse aspects of tumorigenesis. Methods applied will be mostly focused around cell biology, such as CRISPR/Cas-mediated knockouts, stable overexpression systems, confocal microscopy, viability, migration and proliferation assays, DNA damage and metabolic readouts.

The other project is more fundamental and well suited for a master student. We are studying both ADP-ribosyltransferases and hydrolases, which are involved in immunity. We are addressing their exact function in several model systems, including plant and human cells, and are interested in interaction with diverse pathogens including SARS-CoV-2. The student will have an opportunity to learn diverse methods, ranging from molecular cloning, biochemistry (protein purification, enzymatic assays, thin-layer chromatography) to cell biology (CRISPR/Cas, luciferase assays, confocal microscopy).

An internship can be combined with a paid student assistant position (8h/week). Students will be part of the Institute of Biochemistry and Molecular Biology and will have the possibility to join departmental seminar series and journal clubs. Student projects in our lab are part of larger research projects, which has enabled previous and current master students in our lab to contribute to publications. It may also be possible to continue as PhD student.

For more detailed information on the projects or for other informal inquiries, please get in touch. To apply for a position, please email us a CV, a brief statement of research interests and indicate the time period during which you’d like to perform research.

Get in touch:
Dr. Karla Feijs: kfeijsukaachende
Dr. Roko Žaja: rzajaukaachende

To perform their function, cells in our body must acquire a specific shape and architecture both of which are regulated by the cytoskeleton. In our labs, we study the function of the cytoskeleton and are interested in understanding how the cytoskeleton is regulated in the establishment of these structures. 

Bones are subjected to a constant process of degradation and formation by osteoclasts and osteblasts, respectively. In our current project, we are investigating how osteoclasts acquire their bone-degrading function. In this process, osteoclasts attach themselves to the surface of bone and form an absorption lagoon, within which an osteoclast can degrade bone by secreting digestive enzymes and lowering the pH. A massive restructuring and reorganization of the cytoskeleton is necessary for the formation of the absorption lagoon. The cytoskeleton seals the lagoon off by forming podosomes at its edges and the cytoskeleton is responsible for transporting the degrading enzymes to the lagoon within the cell.

The protein ARAP1 is an important factor regulating both functions of the cytoskeleton.We have shown that ARAP1 is regulated post-translationally by phosphorylation.  Now we would like to investigate and understand how these phosphorylations of ARAP1 influence the formation of the absorption lagoon and the intrecellular transport processes.

For this project we are looking for an interested and talented master student preferentially with experience in cell cultivation and cell biological methods.

The project is jointly supervised by the Institutes of Cell Biology (Antonio Sechi) and Biochemistry (Jörg Vervoorts). Please send your application with CV and references to Jörg Vervoorts (jvervoorts-weberukaachende) or Antonio Sechi (Antonio.Sechirwth-aachende).