Offene Stellen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Studenten/-in, der/die gerne seine/ihre Masterarbeit am Institut für Biochemie und Molekularbiologie (in Zusammenarbeit mit der CHIP-Next Generation Sequencing Core Facility, Dr. Ivan Costa) anfertigen möchte.

Wir haben ASH2L als Interaktionspartner des Onkoproteins c-MYC identifiziert. ASH2L ist eine Core-Untereinheit von Histon-Methyltransferase-Komplexen (MLL-Komplexe), die Histon H3 an Lysin 4 methylieren. Diese Modifikation ist essentiell für die Genexpression. Zudem besitzt ASH2L onkogene Aktivität, wie auch andere Untereinheiten der MLL-Komplexe. In embryonalen Mausfibroblasten, in denen wir das Ash2l-Gen mittels Rekombination deletieren können (knockout MEFs), sollen die funktionalen Domänen von ASH2L charakterisiert werden. Dazu sollen die knockout MEFs mit humanem ASH2L und Mutanten rekonstituiert werden. Die Konsequenzen auf die Genexpression und das Proliferationsverhalten der Zellen sollen untersucht werden.
Wichtige Methoden: Zellkultur, retrovirale Infektion von Zellen, Herstellung von Mutanten, qRT-PCR, ChIP, FACS, SDS-PAGE – Western Blot, Histon-Methyltransferase-Assays.

Ausgewählte Publikationen:

  • Guccione, E., Bassi, C., Casadio, F., Martinato, F., Cesaroni, M., Schuchlautz, H., Lüscher, B., and Amati, B. 2007. Methylation of histone H3R2 by PRMT6 and H3K4 by MLL complexes are mutually exclusive. Nature 449, 933-937.

  • Lüscher-Firzlaff*, J., Gawlista*, I., Vervoorts, J., Kapelle, K., Braunschweig, T., Walsemann, G., Rodgarkia-Schamberger, C., Schuchlautz, H., Dreschers, S., Kremmer, E., Lilischkis, R., Cerni, C., Wellmann, A., and Lüscher, B. 2008. The human trithorax protein hASH2 functions as an oncoprotein. Cancer Res. 68, 749-758. *equal contribution

  • Lüscher, B. and Vervoorts, J. 2012. Regulation of gene transcription by the oncoprotein MYC. Gene, 494, 145-160.

  • Ullius, A., Lüscher-Firzlaff, J., Costa, I. G., Walsemann, G., Forst, A. H., Gusmao, E. G., Kapelle, K., Kleine, H., Kremmer, E., Vervoorts, J., and Lüscher, B. 2014. The interaction of MYC with the trithorax protein ASH2L promotes gene transcription by regulating H3K27 modification. Nucleic Acids Research 42, 6901-6920.

Kontakt:

Prof. Dr. Bernhard Lüscher
luescherrwth-aachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Medizinische Fakultät, RWTH Aachen University,
Pauwelsstrasse 30,
52074 Aachen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Studenten/-in, der/die gerne seine/ihre Masterarbeit am Institut für Biochemie und Molekularbiologie in Zusammenarbeit mit der Proteomics-Core-Facility (Dr. Preissinger) anfertigen möchte.

Mono-ADP-Ribosylierung ist eine posttranslationelle Modifikation von Proteinen, die mit verschiedenen zellulären Prozessen assoziiert ist. Mit ARTD10/PARP10 haben wir die erste intrazelluläre Mono-ADP-Ribosyltransferase identifiziert und zelluläre Prozesse beschrieben, die durch ARTD10 reguliert werden. In dem Projekt sollen die Modifizierungsstellen von NEMO, ein Schlüsselprotein im NF-kB-Signalweg, identifiziert, mutiert und funktional analysiert werden. Neben NEMO sollen verwandte Proteine, die ebenfalls ARTD10-Substrate sind und für die Autophagie in Zellen wichtig sind, untersucht werden.
Wichtige Methoden: Protein Herstellung in Bakterien und Aufreinigung, ADP-Ribosylierungsassays, Herstellung von Mutanten, SDS-PAGE – Western Blot, Zellkultur, retrovirale Infektion von Zellen, Analyse der NF-kB-Signalübertragung, Autophagie-Assays.

Ausgewählte Publikationen:

  • Kleine, H., Poreba, E., Lesniewicz, K., Hassa, P. O., Hottiger, M. O., Litchfield, D. W., Shilton, B. H., and Lüscher, B. 2008. Substrate-assisted catalysis by PARP10 limits its activity to mono-ADP-ribosylation. Mol. Cell 32, 57-69.

  • Rosenthal, F.*, Feijs, K. L. H.*, Frugier, E., Bonalli, M., Forst, A. H., Imhof, R., Winkler, H. C., Caflisch, A., Hassa, P. O., Lüscher, B.*, and Hottiger, M. O.* 2013. Macrodomain-containing proteins are novel mono-ADP-ribosylhydrolases. Nature Structural and Molecular Biology 20, 502-507. *equal contribution

  • Verheugd, P., Forst, A. H., Milke, L., Herzog, N., Feijs, K. L. H., Kremmer, E., Kleine, H., and Lüscher, B. 2013. Regulation of NF-kB signaling by the mono-ADP-ribosyltransferase ARTD10. Nature Communications 4, 1683.

  • Feijs, K. L. H., Forst, A. H., Verheugd, P., and Lüscher, B. 2013. Macrodomain-containing proteins: regulating new intracellular functions of mono(ADP-ribosyl)ation. Nature Reviews Molecular Cell Biology 13, 443-451.

Kontakt:

Prof. Dr. Bernhard Lüscher
luescherrwth-aachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Medizinische Fakultät, RWTH Aachen University,
Pauwelsstrasse 30,
52074 Aachen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Studenten/-in, der/die gerne seine/ihre Masterarbeit am Institut für Biochemie und Molekularbiologie in Zusammenarbeit mit der Klinik für Dermatologie (Prof. Dr. Jens Baron) anfertigen möchte.

Das Cytokine IL-17 spielt sowohl bei der Psoriasis / Schuppenflechte wie auch bei der Atopischen Dermatitits / Neurodermitis eine zentrale Rolle. Wir haben gefunden, dass IL-17 das Cytokin IL-36 aktiviert. IL-17 und IL-36 wirken synergistisch auf die Funktion und Differenzierung von normalen humanen Keratinozyten. In dem Projekt sollen die Signalwege, die durch diese beiden Zytokine reguliert werden, untersucht werden. Zudem soll geklärt werden, wie diese Signalwege bestimmte Zielgene, deren Produkte für die Ausbildung der Hautbarriere wichtig sind, kontrollieren.
Wichtige Methoden: Zellkultur, Studien mit pharmakologischen Inhibitoren, SDS-PAGE – Western Blot, qRT-PCR, ChIP.

Ausgewählte Publikationen:

  • Cornelissen, C., Marquardt, Y., Czaja, K., Wenzel, J., Frank, J., Lüscher-Firzlaff, J., Lüscher, B.*, and Baron, J. M.* 2012. IL-31 regulates differentiation and filaggrin expression in human organotypic skin models. J. Allergy Clin. Immunol. 129, 426-433e8. *equal contribution

  • Cornelissen, C., Lüscher-Firzlaff, J., Baron, J. M.*, and Lüscher, B*. 2012. Signaling by IL-31 and functional consequences. Eur. J. Cell Biol. 91, 552-566. *equal contribution

  • Hänel, K. H.*, Pfaff, C. M.*, Cornelissen, C., Amann, P. M., Marquardt, Y., Czaja, K., Kim, A., Lüscher, B.*, and Baron, J. M.*. 2016. Control of the physical and antimicrobial skin barrier by an IL-31-IL-1 signaling network. J. Immunol. 196, 3233-3244. *equal contribution

 

Kontakt:

Prof. Dr. Bernhard Lüscher
luescherrwth-aachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Medizinische Fakultät, RWTH Aachen University,
Pauwelsstrasse 30,
52074 Aachen

Wir suchen eine(n) motivierte(n), enthusiastische(n) Stundeten/-in, der/die im Rahmen seiner/ihrer Bachelorarbeit (kombiniert mit Praxissemester) oder Masterarbeit (kombiniert mit Forschungspraktikum) am Institut für Biochemie und Molekularbiologie unsere aktuelle Forschung unterstützen möchte.

Unsere Arbeitsgruppe erforscht die Funktion von Mono-ADP-Ribosylierung, einer posttranslationellen Modifikation, in Wirts-Pathogen-Interaktionen. Mit ARTD10 haben wir die erste intrazelluläre Mono-ADP-Ribosyltransferase definieren können. Seither konnten wir zeigen, dass Mono-ADP-Ribosylierung zahlreiche verschiedene zelluläre Prozesse wie den NF-k B Signalweg reguliert. Letzte Forschungsergebnisse legen eine Rolle in der angeborenen Immunantwort nahe: Die Expression von ARTD10 wird durch IFNa sowie der Infektion mit Pathogenen getriggert. Mono-ADP-ribosylierung ist wie viele posttranslationale Modifikationen reversibel, was wir mit der detaillierten Charakterisierung von einigen sogenannten Makrodomänen beweisen konnten. Neben zellulären Makrodomänen haben wir uns zuletzt auf virale Makrodomänen fokussiert und konnten zeigen, dass diese viralen Makrodomänen ebenfalls in der Lage sind, Mono-ADP-Ribosylierung effizient zu revertieren - ein weiterer Hinweis dafür, dass Mono-ADP-Ribosylierung eine Rolle in der Immunabwehr gegen Pathogene einnimmt.Projekte für Bachelor- und Masterarbeiten lassen sich in diesem jungen Forschungsfeld zeitnah definieren. Methodisch erwartet sie die Herstellung und Aufreinigung von Proteinen und entsprechender Mutanten, ADP-Ribosylierungs- und Hydrolaseassays, SDS-PAGE und Westernblot, Zellkultur, qRT-PCR und Reportergenassays.

Wenn Sie sich selbst in diesem Feld wiederfinden können und Spaß an Grundlagenforschung haben, dann freuen wir uns auf Ihre Bewerbung!

Ausgewählte Publikationen:

  • Eckei L., S. Krieg, M. Bütepage, A. Lehmann, A. Gross, B. Lippok, A.R. Grimm, B.M. Kümmerer, G. Rossetti, B. Lüscher, P. Verheugd. The conserved macrodomains of the non-structural proteins of Chikungunya virus and other positive strand RNA viruses function as mono-ADP-ribosylhydrolases. Sci Rep. Feb 2; 7:41746, 2017.

  • Verheugd P., M. Bütepage, L. Eckei, B. Lüscher. Players in ADP-ribosylation: Readers and Erasers. Curr Protein Pept Sci. 17(7):654-667, 2016.

  • Bütepage M., L. Eckei, P. Verheugd, B. Lüscher. Intracellular Mono-ADP-Ribosylation in Signaling and Disease. Cells. Sep 25;4(4):569-95, 2015.

  • Verheugd P., A.H. Forst, L. Milke, N. Herzog, K.L. Feijs, E. Kremmer, H. Kleine, B. Lüscher. Regulation of NF-k B signaling by the mono-ADP-ribosyltransferase ARTD10. Nat Commun. 4:1683, 2013.

Kontakt:

Dr. rer. nat. Patricia Verheugd
pverheugdukaachende
Institut für Biochemie und Molekularbiologie,
Pauwelsstraße 30, 52074 Aachen

We are a young, ambitious research group and are looking for students who are interested in doing their bachelor or master thesis in the Department of Biochemistry and Molecular Biology. These projects will be tightly embedded in our on-going research and will be performed in a small team currently consisting of two senior post-docs and a technician.

We are interested in ADP-ribosylation, which has been described thus far mainly as a protein modification. It is involved in a variety of cellular processes, such as DNA damage repair, transcription, immunity and cancer. Previously, we have identified a number of substrates for the mono(ADP-ribosyl)transferases PARP10 and PARP14 in vitro using protein microarrays. Due to technical limitations, which we are happy to discuss, we do not know what the in vivo relevance of these modifications is. Additionally, we, and others, identified the first human enzymes that are capable of removing ADP-ribose from modified proteins. Now, there are many questions to be answered, such as when mono(ADP-ribosyl)ation is occurring, how it is regulated and to which patho-(physiological) processes it contributes?

To help us answering these questions, we intend to design two bachelor/master projects, of which one will mainly focus on the relevance of mono(ADP-ribosyl)ation in vivo in an animal model, and the other dissecting the molecular mechanisms using in vitro methods. Techniques that can be applied by students in these projects: cloning including mutagenesis and CRISPR/Cas9 technology, tissue culture and the generation of stable cells, RT-qPCR and Western Blot, protein purifications and activity tests, confocal and super resolution microscopy, FACS, next-generation sequencing, mass spectrometry-based proteomics analysis and phenotyping of animal models. The exact theoretical focus of the projects, including methods employed, will be determined together with the students based on their research interests and time frame.

Interested candidates are welcome to (informally) inquire:

Dr. Karla Feijs: kfeijsukaachende (mostly in vitro work)

Dr. Roko Žaja: rzajaukaachende (mostly in vivo work)